בת מרים ויוסף. נולדה בכ"א באדר ב' תשי"ד (26.3.1954) בבית דגן. בת חמישית במשפחה שבה שש בנות. אחות של חנה, רחל, ציפי, שרה ואווה.
מרגלית גדלה עד גיל שבע בבית דגן באורח חיים כפרי, בבית פרטי עם מרחבים גדולים. אז עברה המשפחה לרמת גן, והיא למדה בבית הספר היסודי "מכלל". משם המשיכה ללימודים בתיכון "אבוקה".
"בתקופת התיכון", סיפרה אחותה שרה, "החליטה לשנות את שמה למיקי (כי חשבה שהוא שם מגניב יותר) ודרשה בתוקף ובחן רב לכנותה כך. אנחנו במשפחה ניסינו למלא את בקשתה אך לא תמיד צלח לנו. היינו משתמשים בשני השמות ועד היום אנחנו משתמשים בשני שמותיה לסירוגין".
מיקי גדלה במשפחה חמה ואוהבת, היה לה קשר מצוין עם הוריה ועם כל אחת מאחיותיה. המשפחה שומרת מסורת וציונית מאוד, ומילדות היא ספגה אהבה גדולה לארץ. כנערה גילתה חוש תיאטרלי מפותח, השתתפה בחוג דרמה של בית הספר למשחק "בית צבי" והרבתה לקרוא ספרי פרוזה ושירה, בעיקר של סופרים ומשוררים ישראלים.
בצה"ל שירתה כמש"קית סעד, תחילה בצריפין ולאחר מכן בבית ספר לקצינים בה"ד 1, תפקיד שמילאה בגאווה גדולה. במסגרת שירותה סייעה רבות לחיילי היחידה ולמשפחות השכולות אחרי מלחמת יום הכיפורים (אוקטובר 1973), תמכה ככל יכולתה עם המון רגישות וחמלה.
לאחר שירותה ביקשה להמשיך לתרום, והתנדבה מספר חודשים בקיבוץ עברון. בסיום תקופת ההתנדבות עבדה במשרד ראש הממשלה, ובחיפושיה אחר תפקיד משמעותי יותר עברה לעבוד במחלקת הביטחון של נמל התעופה בן-גוריון (נתב"ג). בכל משימה הקשורה בביטחון היא ראתה אתגר, ואת תפקידה כבודקת ביטחונית מילאה במסירות ובהצטיינות.
בקרב חבריה הרבים בלטה מיקי כצעירה תוססת, ערנית ומלאת חיים, בעלת נוכחות מרשימה. היא האמינה בכל ליבה בדו-קיום עם הערבים והרשימה בחוש הצדק המפותח שלה. בשעות הפנאי אהבה לטייל בארץ, וניצלה כל הזדמנות לטייל בירושלים ובסביבותיה.
אחרי כשנת עבודה בנתב"ג החליטה להגשים חלום, לערוך טיול מקיף באירופה לבדה. היא תכננה את הטיול בקפדנות, ובראשית חודש יוני 1976 הייתה אמורה להתחיל אותו בטיסה לרומא.
בצהרי יום שלישי 25.5.1976, יום עבודתה האחרון בנתב"ג, הגיע בטיסה תייר אוסטרי שעורר את חשדה של מיקי. היא ביקשה ממנו להתלוות אליה אל חדר הביטחון לבדיקת מזוודותיו ושם, כשפתח את המזוודה התפוצץ חומר הנפץ שהיה בה. בפיצוץ האדיר, שנשמע בכל רחבי הטרמינל, נהרגו מיקי והמחבל. שבעה מעובדי הנמל נפצעו.
בפעולתה מנעה מיקי אסון גדול, שכן הסברה היא ששתי המזוודות שנשא המחבל נועדו לפיגוע המוני ביום ירושלים. הוענק לה מעמד של איש ביטחון שנפל בעת מילוי תפקידו.
מרגלית (מיקי) בן-ישי נפלה בעת מילוי תפקידה בכ"ה באייר תשל"ו (25.5.1976). בת עשרים ושתיים בנפלה. היא הובאה למנוחות בבית העלמין הצבאי בקריית שאול, תל אביב. הותירה הורים וחמש אחיות.
"חייה ותוכניותיה של מיקי נגדעו בעודם באיבם", כתבה אחותה שרה, "במכתב שכתבה לידיד כתבה היא עצמה: 'רוצה ללמוד תיאטרון והיסטוריה, אלא שאי אפשר לדעת ובכלל אי אפשר לתכנן תוכניות לעתיד רחוק כי גורמים מבחוץ יכולים לגרום לשינויים מרחיקים'".
ספד לה אהרל'ה, מנהל חטיבת הביטחון שבה עבדה: "מרגלית שלנו. לבדה ובמסירותה, בעקשנותה ובאומץ ליבה סיכלה מזימת הרשע לפגוע בהמון אדם. על כך שילמה המחיר היקר ביותר. לך נשבענו כי נעשה הכול שקורבנך לא יהיה לשווא".
בחוברת שהוצאה לזכרה כתב פרי, חבר לעבודה: "רגע עם מיקי. כשחולפים לעיתים ליד בית העלמין, קשה שלא לעצור לרגע ולזכור אותך מיקי! מיקי עם החיוך הסוחף, השחוק הצרוד הכובש, מיקי עם הספר הנצחי שאינו מש ברגעי הפנאי המעטים, מיקי של שמחת החיים והבריאה, מיקי והעצבות".
חדר התדריכים של אגף הבודקים בנתב"ג נקרא על שם מיקי. על לוח הזיכרון המוצב בחדר כתבה משפחתה: "צעירה לנצח הלכת מאיתנו. שמורה צוואתך ואותה אנו מספרים, מדי שנה בשנה, על אהבתך את שבילי הארץ ונופיה, על היותך יחידה ומיוחדת, על מותך הכאוב". מדי שנה מתקיים בנתב"ג טקס חלוקת מלגות על שמה לסטודנטים עובדי הרשות.
ספר תורה לעילוי נשמת מיקי הוכנס לבית הכנסת "סיני" ברעננה על ידי הוריה. בבני ברק נקרא על שמה רחוב הסמוך לבית המשפחה.
מיקי מונצחת בלוח הזיכרון לנופלים בבית ספר "מכלל", באנדרטאות לנופלים בבית דגן, בבני ברק וברעננה, ובאנדרטה לעובדי רשות שדות התעופה שנפלו במערכות ישראל.